1章　分類
　探検航海―未知の魚を求めて/日本の魚類分類学史/魚類の多様性/学名とは何か/標準和名―日本独自の命名体系/分類形質/分類群/種概念/上位分類群/新種/タイプ概念/シノニム/国際動物命名規約/形態分類/分子分類/検索/同定/標本の役割/標本データベース/図鑑と分類学/国際データベース/◆コラム　新種はどこから見つかるのか
2章　系統
　魚類系統解析の歴史―形態から遺伝子へ/化石から見た魚類大系統/無顎類の系統進化/軟骨魚類の系統進化/硬骨魚類の系統進化/古代魚の系統進化/下位新骨類の系統進化/ニシン・骨鰾類の系統進化/下位正真骨類の系統進化/棘鰭類の系統進化/硬骨魚類の新たな分類体系/◆コラム　ウナギもマグロも祖先は深海魚
3章　形態
　外部形態/体形と遊泳/形態の雌雄差/皮膚の色彩・斑紋/鱗/無顎類の形態/顎の起源/軟骨魚類の頭骨/軟骨魚類の顎/軟骨魚類の歯/サメ形からエイ形へ/古代魚の頭骨と顎/真骨類の頭骨/真骨類の顎/硬骨魚類の歯/鰓耙と咽頭顎/硬骨魚類の脊柱と尾骨/肉鰭類の鰭/条鰭類の鰭/体側筋/鰾/鰓/循環器/血液と造血器官/消化器官/泌尿器官/真骨類の生殖器官/神経系/視覚/嗅覚と味覚/聴覚と平衡感覚/側線系/電気受容器/形態観察の染色法/◆コラム　吸盤を持つ魚　魚の大きさ　ヒトの中の魚
4章　分布
　生物地理区―淡水魚/生物地理区―海水魚/大陸移動―淡水魚/大陸移動―海水魚/分散と分断―淡水魚/分散と分断―海水魚/固有種と広域分布種/反熱帯性分布/系統地理学/魚類相/クラスター分析/日本の魚類相―淡水魚/北日本の魚類相―海水魚/日本海の魚類相―海水魚/南日本の魚類相―海水魚/小笠原諸島の魚類相―海水魚/東アジアの魚類相―淡水魚/東アジアの魚類相―海水魚/東南アジアの魚類相―淡水魚/東南アジアの魚類相―海水魚/コーラルトライアングル/◆コラム　無効分散と死滅回遊魚
5章　生態
　無性生殖/初期生残/表現型可塑性/左右性/形質の地理的クライン/摂餌なわばり/擬態/種間競争の行方/頂点捕食者/寄生と宿主操作/物質輸送/食物網/◆コラム　地下水・伏流水に棲む魚たち　ヘビのような魚/大陸系依存種/水陸両棲魚/藻場/砕波帯/高度回遊魚/周縁性淡水魚/遡河回遊/代替繁殖戦略/降河回遊/両側回遊/河川陸封/水田漁撈/古代湖/島の生物学/東日本大震災の影響/◆コラム　アユと日本人
6章　行動
　群れ行動/なわばり行動/攻撃行動/逃避行動/採餌行動/捕食行動/繁殖行動/求愛行動/交尾行動/産卵行動/保護行動/配偶システム/性転換の進化/配偶者選択/協同繁殖/托卵/共生/掃除行動/異種間の随伴行動/行動の個体発生/学習/個体認知/夏眠と冬眠/発光/発電/発音/行動生態学/漁具と魚の行動/行動観察法/行動記録法/◆コラム　空を飛ぶ魚　雌が出産するタツノオトシゴ　ブダイの寝袋
7章　生理
　多様な呼吸法/消化の調節と胃の役割/成長の仕組み/老廃物の排出/軟骨魚類の浸透圧調節/浸透圧調節と塩類細胞/骨組織の形成と代謝/母川刷込みと母川回帰/サケ科の銀化変態/変態の生理/生殖腺の性決定と性分化/雌雄性と雌雄同体/性転換の生理/生殖行動の神経ペプチドによる制御/◆コラム　ウナギの人為催宿技術　環境ホルモンの影響/精子運動と精子活性化/性フェロモン/胎生魚/活動のリズム/季節センサー/社会性の発現制御/内温性/極限水温条件への適応/痛みと麻酔/ストレス/免疫機能/魚病/◆コラム　実験動物としての魚類
8章　発生
　卵/精子/受精/胚―受精から三胚葉形成/胚―エピボリー運動から胚体形成/孵化/仔魚/稚魚/直達発生/変態/左右非対称性の発現/クッパー胞/ヌタウナギの発生/軟骨魚類の繁殖と発生/硬骨魚類の胎仔/魚卵の形態/仔稚魚の形態/初期生活史戦略/レプトセファルス―小さな頭という仔魚/選択的潮汐輸送/異時性/魚類の個体発生にみる系統発生/代理親魚技法/◆コラム　卵仔稚魚の採集法
9章　遺伝
　遺伝子/染色体と核型/核ゲノム/ミトコンドリアゲノム/全ゲノム重複/遺伝子重複/鰭形成に関わる遺伝子/浸透圧調節に関わる遺伝子/免疫に関わる遺伝子/色彩と視覚に関わる遺伝子/味覚と嗅覚に関わる遺伝子/巣づくりに関わる遺伝子/孵化に関わる遺伝子/倍数体と異数体/適応進化の遺伝学/人工種苗の遺伝学/量的形質の遺伝学/集団の遺伝学/小集団の遺伝現象/外来魚の集団遺伝学/種内の遺伝的変異/遺伝子分析が解明する隠蔽種/種間交雑と遺伝子浸透/DNAマーカー/染色体操作/環境DNA/エピジェネティクス/転移因子/反復配列/◆コラム　モデル動物としてのメダカ　トランスジェニックフィッシュ　生殖幹細胞操作―サバがマグロを生む?
10章　保護
　日本の淡水魚の現状と課題/日本の絶滅魚/レッドデータブック/日本の希少淡水魚/日本の希少海水魚/保護の方法/保全/保存/外来魚/国外外来魚/国内外来魚/第3の外来種/運河を通じた魚類の侵入/外来生物法/放流ガイドライン/地球温暖化による分布の変化/生物多様性条約とABS問題/種の保存法/ワシントン条約/ラムサール条約と日本の重要湿地/河川水辺の国勢調査/環境教育/里海・里川/◆コラム　琵琶湖の危機　有明海の危機　西表島の危機　市民活動による希少魚保護/市民活動による外来魚駆除
11章　社会
　水族館・博物館/漁業/持続可能な漁業/資源としての魚/養殖/放流―栽培漁業/育種/有用魚/有毒魚/鑑賞魚/遊魚/スポーツダイビング/魚市場/食材としての魚/魚食文化/◆コラム　『古事記』の魚
[付録1]魚類学の歴史
[付録2]日本魚類学会の歴史
[付録3]日本魚類学会の現在　
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